Chakra to podstawowe źródło mocy ninja. Jest pięć żywiołów czakry - ziemia, ogień, wiatr, woda i piorun [1]. Ninja wykorzystują ją do wykonania technik podczas walki. Większość jōninów potrafi wykorzystywać co najmniej dwa żywioły. Shinobi z określonym Kekkei genkai mogą posiadać zdolność łączenia dwóch różnych żywiołów dzięki czemu powstaje nowy element.